常見的益生菌可簡略分為細菌及酵母菌兩類，當中的細菌類可再細分為乳酸桿菌（Lactobacilli）及雙歧桿菌（Bifidobacterium）兩種；至於酵母菌，則只有布拉酵母菌（Saccharomyces boulardii）一種。
不同類型的益生菌作用可能不同，例如嗜乳酸桿菌（菌種）主打腸道保健，龍根菌則能調節免疫力、改善服用抗生素所造成的腹瀉問題；因此，選購益生菌時，需了解產品所含的菌種、菌株的功能是否符合個人所需，並確定有人體臨床研究證實，保障其功效與安全性。
益生菌食物
益生菌功效1：調整過敏
- 適合對象：兒童、過敏族群，改善過敏
- 對於改善過敏的益生菌，關鍵在於通過臨床實證，確保對人體的有效性，像是AP專利益生菌，就是透過科學研究和臨床試驗所建立的產品，特別為亞洲人體質所設計，並獲7國專利的益生菌株配方；其中AP86、AP88與AP31是特別針對改善過敏體質所推出的益生菌。
益生菌功效2：私密處保養
- 適合對象：女性族群，婦科與泌尿道保養
- 針對私密處保養的益生菌，可預防陰道壞菌生長、泌尿生殖系統感染，常見包含4大菌種：卷曲乳桿菌、植物乳酸桿菌、發酵乳酸桿菌、唾液乳桿菌；民眾依自身身體狀況，評估後若有需要補充益生菌，建議可選擇通過專利且經人體臨床實驗的益生菌，如義大利UTcare專利菌株，共包含LCR01、LP14、LF15、LF11及CRL1328等共5種菌株，臨床實證有效調節生理機能，加強私密處保護力；若有額外需求，則可考慮選擇複方產品，搭配可預防泌尿道感染的成分，如：甘露糖或蔓越莓萃取物。
益生菌功效3：改善消化道機能
- 適合對象：外食族群，改善便秘
- 改善長期便秘與腹瀉是益生菌最為人所知的功效，主要是因為益生菌可改善腸胃道菌叢，促使腸胃蠕動，改善消化吸收，並抑制腸道不正常細胞生長，提升腸胃道機能。
- 若經評估自身狀況後，有需要挑選可提升消化機能的益生菌，則可選擇包含A、B、C菌等3大菌種，例如AP66專利菌株益生菌，其中包含11種複合多功活性乳酸菌；若有額外需求，同樣可選擇複方產品，搭配消化酵素及蔬果發酵精華，提升消化吸收機能。